In Magister is het mogelijk om de absenties van de leerlingen te registreren. De leerkracht kan dit snel en gemakkelijk, op zijn eigen computer, direct invoeren. Absenties kunnen geregistreerd worden per dagdeel. Het rooster met de dagindeling kan iedere school zelf definiëren. Het weekoverzicht zorgt ervoor dat per groep of voor de hele school snel duidelijk is welke leerlingen afwezig zijn geweest in de betreffende week. Ook kan vanuit dit overzicht gemakkelijk teruggebladerd worden om naar voorgaande weken te kijken, of ingezoomd worden op de absenties van een specifieke leerling. De flexibele inrichting van de absentiemodule zorgt ervoor dat een school zelf kan bepalen welke absentieredenen geregistreerd kunnen worden.